也有不少已有立場的人，對之持有批判指謫的態度。不論正反，從各種角度的反應，可以明白，此書給予當時的佛教界，是一部極具震撼力的著作。《阿彌陀經疏鈔問辯》即是雲棲對於那些人士的質難或疑問，提出進一步的解答。此書以問答、續問答、答問的三類，共收四十五則。許多問題，在當時提出的人，也許重要，現在看來則無甚意義，而且詞意晦澀不清。能夠觸及雲棲思想核心的不多，如持名念佛、參究念佛、上智人念佛及中下根器者念佛、參禪與念佛等，倒是值得一讀。

雲棲重視史料的蒐集整理，對於禪宗，他撰有一卷《皇明名僧錄》。為淨土教則編有一部《往生集》，他將傳有往生事蹟，而載於內外百家之書的資料，隨見隨記，日積成編，共一百六十六條，始自廬山慧遠，迄於明末，選擇相當嚴格，故其自稱，此僅佔其已得資料的十分之一。用以考驗古今，作為修行淨業者的左券。

（八）《阿彌陀經疏鈔演義》：此書四卷，是雲棲門人古德大賢法師，依據雲棲的《阿彌陀經疏鈔》，所作的演義，也就是把原作更加深入淺出，務使讀者既明其精義，又不覺得困難。正如清高宗乾隆十七年（西元一七五二年）沙門惟誠寫的重刻序中所說：「蓮池大士疏注於前，古德大師演義於後，其宣明妙義，