於《淨土決》中，他自用三種不同的稱謂：1.「引」文以「溫陵李卓吾曰」開頭。2.正文以「溫陵禪師曰」發端。3.初段正文後評案則以「卓吾和尚曰」起始。是俗是僧，亦僧亦俗。據此可以想見，李氏性格與心態之多元化，或多層面化之一般了。
《淨土決》的形式，也很特別，以致《卍續藏》的編者，弄不清其內容的目次，應該如何編出。胡亂地給予標目，竟與內容風馬牛不相及(註二八)。今依據其內容，排列其目次如下：
- 淨土決前引（卓吾自撰）
- 一心三觀（卓吾自撰）附：卓吾評案
- 延壽禪師勸修淨業（錄自永明延壽《萬善同歸集》） 附：卓吾評案
- 行腳求師（錄自宗本禪師《歸元直指集》）
- 宗本問答（同上）
- 三大聖人現身勸修淨土
- 經論指歸淨土
- 祖師指歸西方附：卓吾評案三則
- 西方五請（卓吾自撰）：(1)西方說，(2)念佛真義，(3)答西方問，(4)與關僧如正書，(5)念佛八偈
以上九項中的1.、2.、9.之三項，是李氏自撰，五則評案，也出於李氏手筆。其餘諸項，皆係錄自前人的著述，6.、7.、8.之三項，雖未註明，錄自何書，主要仍是出於《歸元直指集》，只是未必依照原著次第。欲見李氏的淨土思想，當自其自撰的諸文以及評案之中窺知。
李氏特別欣賞宗本禪師主張的：「念佛法門，人皆可行。」不論何時，不拘方法(註二九)，李氏的讚詞是：「此宗本一元師之書也，本欲人專修淨土，故作是書。所以詳引曲證，發明示人者，至矣盡矣。其間真實簡便，尤諸師諸說之所未顯。一謂念佛初不問是何人。則凡以平生惡業太多自諉而不肯念佛者，謬矣。二謂念佛初不管是何時。則凡以年老及臨命終自推託，而不肯念佛者，謬矣。三謂念佛初不拘是何方法。則凡立為一定規程，使千人同一律，千古同一樣，使人有所妨礙，而不能周遍大地者，謬矣。」（《卍續藏》一〇八‧三七八頁上）
李氏重視實際、簡便、活用，這也正是禪者的精神。不過他畢竟仍是儒生，