(2)無聲密念的「暗持」。(3)微動唇舌念的「半明半暗持」，亦如咒家的「金剛持」。(4)記數或不記數持。

所謂「理持」，稱作「體究念佛」，與禪宗教人舉話頭、下疑情相似。聞佛名號，不唯憶念，即於能念所念的念上反觀，體察究審，窮其根源，體究之極，便能獲自本心。此「理持」法，不專事相，屬慧門攝，兼得定故(註一二)。

雲棲將念佛法門的(1)稱名、(2)觀像、(3)觀想、(4)實相之四種之中，只取稱名與實相，不許觀像及觀想的色像(註一三)。並且即以稱名念佛而直貫實相念佛，由事一心而達理一心。此乃受了《文殊說般若經》所闡念佛三昧法的影響，也可以說：雲棲依據《文殊說般若經》，而貫攝淨土教的念佛法門。主張事理兼顧，由事入理，理通於事。因此他說：古人所謂將理觀及持名分開，以為「愚人求淨業」者，乃由於未明事一心與理一心的道理之故(註一四)。

古來對於西方淨土之屬於三身四土中的哪一土，頗有議論。在雲棲則以為：事持理持，事一心理一心，既各有深淺，最高與真佛同土，最低與化佛同國。輕易地把這個爭論解決了。而且也把禪與淨土之異的問題解決了。是故雲棲教人，多以念佛三昧相示。他本人雖然重視福業如布施、持戒、放生、度眾等行，然其畢竟主張：但持阿彌陀佛名號，便是多善根、多福德，是定中之定(註一五)。