又得從一心分別出現的意識上用工夫。

第二，止觀境界者，即以真實性、依他性及分別性，作為大乘止觀的所觀境。其中以出障真如及佛之淨德，名為真實性；在障之真如與染和合而成的阿梨耶識，名為依他性；六七二識的妄想分別，名為分別性。又因本書所說的三自性，各各具有清淨及染濁的兩面作用，故與唯識論所說的三自性，略有不同，本書的三性既具染淨兩面的功能，所以泛通十法界，唯識論的三性則唯侷凡夫。同時，本書的立場，是基於一個清淨心或真如心，從而說明三自性的內容，因此，也與唯識論的立場不盡相同了。例如本書卷三說：「無垢真實性者，體顯離障為義，即是體也。清淨依他性者，能隨熏力，淨德差別，起現為事，即是相也。清淨分別性者，對緣施設為能，即是用也。」（註六）

這種論點，一看可知，是引用了《起信論》中所說體、相、用三大的各相（註七）。但是，若將本書和唯識論對此三性所明之定義，作一比較，便可明白兩者之間，並不完全相同，因為我們發現本書卷三，對此觀點，有如下的申論：「所言一切凡聖唯以一心為體者，此心就體相論之，有其二種：一者真如平等心，此是體也，即是一切凡聖平等共相法身。二者阿梨耶識，即是相也，就此阿梨耶識中，復有二種，一者清淨分依他性，亦名清淨和合識，即是一切聖人體也；