實則兩者均不一定妥當。倒不如說，子時的阿梨耶識，相當於《攝大乘論》所說本識之三相（註二九）中的自相，即是後世稱為新譯的「種子生種子」，來得更為貼切；至於果報阿梨耶識，持有因相及果相，含有種子生現行，同時也含有現行熏種子的意思。

而此阿梨耶識的染淨二分（註三〇）或覺不覺的二分（註三一）之中，稱為覺的淨分是解性（註三二），不覺的染分即是無明（註三三）。此等如何現出生滅世界，又如何斷惑證真，則可於染淨二性的名義解明中得到消息。正如上面所說的那樣，本書是立足於如來藏緣起的基礎上，而於阿梨耶識建立見相二分，但其並非意味著即與三性之說有何關聯，因為，對於唯識而論，毋寧說本書是站在唯心的立場。

再說本書對於第七識所持的看法，已經明白地說過：「六七等識是用」（註三四），又說：「以七識是我執識故，不能見心本寂」（註三五），把第七識視作「我執識」之外，本書之中便未再對第七識作過任何論列了。因此，在本書之中，作為修行的意識，實則是以第六意識為中心的。

例如本書卷三說：「以意識依止此心修行止觀也。」又云：「以意識知名義故。」（註三六）此一能知名義的意識，