只不過與《起信論》的覺與不覺之說相當，與所謂天臺的性惡思想拉不上關係。實則「留惑」的思想，已經深入其體系之中了，因為當在淨用完成之後，只說滅息染用而未說滅除染性，染性乃是約淨用成就之後的聖位上說的，並非由染業而生，乃是由願力而生的；為了救濟眾生，必須要仗染性，方便示現種種果報於此現實世界。

如其不然，本書便與其始終主張的如來藏緣起思想相違；在其心意識論方面，也與阿梨耶識的內容背離，事實上這是根本不可能的。須知，當說無明熏於染性之時，意思即是無明熏心而生不覺之義，這一染性本具的觀念，切勿誤以為是依於染性而受無明之熏。因此本書所謂：「彼染性為染業熏故，(（中略）)現種種果報」（註四〇）的「染性」二字，應當改作「淨心」，或解為「淨心」才對。因為本書的染性，若在轉依以前，義與染分的梨耶相同；若在轉依以後，則全同於留惑的意思。此在本書自身，也如此的表明：「是故諸大菩薩，留隨眠惑，在於心中。」（註四一）特別在以清淨分依他性，配之於依轉依後的染性所生之大用來看，更可明瞭此中的消息了。