次觀五陰六塵等法，悉皆心作，其體是虗，即能成立依他性緣起。(（中略）)次觀一切諸法。本來惟心，心外無法，不將二無以為心相，即能成立真實性緣起。(（中略）)止門除滅三性入三無性者，謂疆觀諸法，唯是心相，虗狀無實；復觀能觀之心，亦無實念。繇此執心止息，故名除分別性入無相性。次觀虗法，唯心所現，有即非有，無生無滅。繇此虛相執滅，故名除依他性入無生性。次觀淨心，圓離四句，不屬有無。亦非可緣可念，故名除真實性入無性性也。」（註三〇）

蕅益大師的這段解釋，已把本書的止觀行法，用三性進入三無性的過程次第，說得相當明白了。主要的意思，是以三性為觀行，又以三無性為止行。

然與《攝大乘論》所不同者，在《攝大乘論》，僅以三性三無性為唯識觀；在本書的止觀工夫，由於是交替並進的，所以形成為四個層次的四重止觀，僅以三性三無性，作為四重止觀中的第一及第二重止觀，除此之外，尚有根本真如三昧的第三重止觀，以及止觀雙現的第四重止觀（註三一）。這一點，也是本書的特色之一。

現在且將本書的止觀法門和三性三無性之關係，列表如下：