則否定心性本淨說，主張心性具有染淨之二面說。

再看大乘佛教的《瑜伽師地論》卷五四說：「諸識自性非染」（註二），這無疑是對經典中「心性本淨」說所作的解釋。至於《成唯識論》卷二，以為心性本淨者，即是識的實性清淨之意；在該論卷四則謂：「謂染淨法，以心為本」（註三），可知此處的「心」者，即是指的阿賴耶識，阿賴耶識是染淨的種子，具有有漏種子及無漏種子，故成為雜染和清淨了。

其次以《般若經》及《華嚴經》為首，發展至後來成為如來藏思想及密教思想的許多經論之中，乃以心性本淨之說，作為貫串大乘佛教的基本思想了。因此，便可常常發現，以心性本淨說為型範，並且依以作為基礎，發展出了如來藏、佛性、菩提心、法身、空性、法性、心真如、阿摩羅識、本覺等的許多思想。例如八千頌《般若經》、《大智度論》、《如來藏經》、《不增不減經》、《勝鬘經》、《大乘莊嚴經論》、《中邊分別論》、《中邊分別論釋》、《究竟一乘寶性論》、《大乘法界無差別論》、《楞伽經》、《大乘密嚴經》，以及《起信論》等，都是根據於心性本淨之說而來強調見性或悟之可能性的。我們在前節之中，也屢次說到，與《大乘止觀》的三性三無性思想有著深厚關係的《攝大乘論》，便與此處所舉的《大乘莊嚴經論》及《中邊分別論》的思想，屬於同一個系統，