謂如來藏體，具足一切眾生之性，各各差別不同，即是無差別之差別也。」（註一六）

從這兩大段文字之中，可以明白，《大乘止觀》的性染說，與《觀音玄義》的性惡之說，在原則上雖相同，在看法上則亦不同。天臺僅說性惡，南嶽卻還說了事也有染，這是徹底的性惡思想，在體系及組織上，也比《觀音玄義》，來得深刻和精密。因在本書的如來藏，不僅具有染性，同時復具有染事。從其兩者源頭的考察，固係一流相承，兩者所據經論立場的不同，所以彼此觀點略異。也就是說，本書的性染說，是依《起信論》所示不空如來藏的思想，以阿梨耶識為一切法的根本而來。《觀音玄義》的性惡法門，如前所說，是約〈普門品〉所作的疏釋，宣示一切眾生，本具三因佛性，傍及圓教所說如來在現實面的活動性。所以彼此略有出入。

至於本書，是基於如來藏思想，而更加發揮了性染思想，且以性染思想，來貫串本書的前後立場。所以，不僅止觀依止的不空如來藏中本具染法，即使止觀境界及止觀體狀的三性和三無性中，也有著染法本具的思想。例如本書卷三有謂：「眾生之體實，事染之本性，具足違用，依熏變現。故言有垢。(（中略）)所現之相常寂，復稱為淨。」（註一七）

同卷又謂：「諸佛違用，即是無垢染，但為令眾生捨染欣淨，是故不彰也。