當商羯羅去世之前，已在印度四方創立了四座大修道院，死時即指派其高弟分別主持。可是，凡事無常，當印度教統一之後，接著來的便是派系的分裂，但他仍為諸派的共祖。後來的毘紐笯派，把他祀為毘紐笯的化身，濕婆派又視他為濕婆的化身。當時的佛教，正在鬧了自家門內的思想糾紛之後，中觀派與瑜伽派諍論，中觀派中也分作兩系來互諍。但到此時，人才凋零，已無一位大師。真是鷸蚌相爭，漁翁得利，結果是印度教大獲全勝。

印度教的支派分裂，是從西元第九世紀開始。同由商羯羅的及門弟子開出的，據說有濕婆派（Śaiva）、毘紐笯派（Vaishṇava）、性力派（Śākta）、伽那鉢提派（Gāṇapatya）、太陽派（Sāura）、波輸鉢多派（Pāśupata）。分派的原因，係由於崇拜對象的不同而起。因為印度教的源頭是婆羅門教，那是交換神教，可以隨崇拜時的不同對象，而予此對象以最高神的地位。到了印度教中，則以唯一絕對的最上之神以外，容許另有各種性格的大神存在。如前面所舉的三位大神，本係一體的三相，後來卻把他們分開，各派僅拜其中的一位。

最初出現的分派，主要是毘紐笯派及濕婆派。從形式上看，有兩種不同點：1.是額前的記號：濕婆派用白色畫三條橫線；毘紐笯派則用紅、黃、白三色畫三條縱線。2.是持用的數珠：濕婆派係用堅果做菱形的數珠三十二粒；