到了元朝憲宗時代（西元一二五一～一二五九年），除了《道德經》之外，全部道藏皆被焚燬。起因是道教受元帝的優遇，並命道教管理「天下應有的出家人」，道士要僧人迎拜，並通管僧尼，同時又「毀夫子廟，毀佛像，佔梵剎四百八十二所」。這是由於全真派的丘長春受到元太祖成吉思汗（西元一二〇六～一二二七年）的敬信，所以道徒專橫跋扈，但到憲宗時，丘長春死了，僧道屢辯於帝前，道士每皆詞屈，故有祁真人志誠、李真人德和、杜真人福春等人照實自供：「據道藏經內，除老子《道德經》外，俱係後人捏合不實文字，情願盡行燒毀了，俺也乾淨。」（見《至元辯偽錄》）

現行的道藏，是明朝萬曆年間（西元一七五三～一六一九年）重修的，刊於北平白雲觀。明代的白雲觀道士白雲霽，為道藏目錄作的詳註，已載清代的《四庫全書》。所列諸書，多係摭拾以增加其卷數。晚近由白雲觀交給上海涵芬樓影印的道藏，已多至五千五百冊五千四百八十五卷，比開寶版的佛教藏經，還多出四百三十七卷。既經元朝焚燬了一次，又從那裡來的這許多道書？自然是廣事摭拾收羅而來。例如《漢書．藝文志》中除上述三家之外的名家、法家、墨家、兵家、農家，以及占星、陰陽、五行、雜占卜、醫經、醫方等凡百數術方技之書，皆被收盡，乃至佛祖傳真、聖賢貫脈等佛教及儒家的書，也成了道藏的內容。

不過，道教始終遜佛教一籌，日本在大正年間的《新脩大藏經》正續兩編，