至於我國新疆的回教，自始即分有黑白兩系，而且不一其族。所以用回教之名，實在並不正確。西方人稱他們為穆罕默德，倒較合理，可是回教徒又不樂意接受。如稱他們為伊斯蘭教，他們才高興。

中國回教的流派

在中國的回教，除了黑白二派原來局限於新疆一地之外，尚有舊派和新派之分。大致上說，黃河、長江、珠江三個流域的各省，全屬於舊派；西北邊疆的，則屬於新派。

舊派回教大約佔有回民全數的百分之六十，他們大多能夠入鄉隨俗，可以接受居住地的若干習尚，也沒有總的全體組織機構及總主教之類的領導人物。各禮拜寺或清真寺的負責人，稱為阿洪，又通稱為教長，也就是教師。作為一方教民在組織及領導上的核心人物。此一職務係由各該禮拜寺的如董事會等核心組織所選聘而產生，以同教派的「品學優良」的穆民為選聘之對象，任期一年或連任數年，並無年限的約束。

新派回教，實由於反對舊派的隨方隨俗而起，他們指責舊派有違真主所降《古蘭經》的訓示，所以提倡尊經護教，並且創立一種「門官」（主教）制度。這以陝西及甘肅為中心，門派很多，最主要的有四派：

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  哲合勒耶派：意為明揚正道。創於西元十世紀後半期。此派「門官」為終身職，且為世襲子孫制度。
  
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  虎飛耶派：意為暗藏機密。創立時期約與前派相同。初由花寺大爺為主教，此人死後即改共管而廢主教。
  
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  哈狄勒耶派：意為出家修身。此派的主教以出家為必要條件，凡教民子嗣多者，可送一子出家，或自願出家修行，研究教義。這與穆罕默德多妻主義的遺教是完全相違，它的成立很晚，約在西元十九世紀初期，相當清朝宣宗道光年間（西元一八二一～一八五〇年）。
  
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  庫布勒耶派：意為存心養性。也是於道光年間創立。