因此，基於心性本來不淨之說，而著重於現象的分析，仔細地考察現象，予以對治，始能由不淨而成為清淨，由有為法而入無為法。由此分析考察，後來即發展成為唯識法相的大乘教義。基於心性本來清淨之說，而著重於本體的發揮。深入地考察本體，現象乃是本體所流出。由此演繹，後來即成為真如緣起、如來藏緣起及法界緣起的大乘教義。所謂一切眾生皆有佛性，所謂如來藏中藏如來，所謂心、佛、眾生三無差別等的思想，均由心性本淨的觀念而來。
大乘佛教的主流
從體上說，大乘佛教與小乘佛教的關係，猶如學生與老師的關係；沒有小乘佛教，大乘佛教雖然別有接自佛陀本懷的源流，卻也無從生根立足；大乘的思想固要借助小乘思想的培育，大乘的弘揚也有待於小乘僧團的努力。縱然大乘經典如《維摩經》、《勝鬘經》之鼓吹在家菩薩的偉大卓越，真正對於大乘佛教的建樹者，卻都是出身於聲聞教團的出家菩薩。例如馬鳴、龍樹、提婆、彌勒、無著、世親，無一不是現的聲聞形態的比丘大德。
大乘佛教的教義博大高明，實非短短的篇幅所能介紹。就其粗枝大葉而言，可以分為三大主流：
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般若中觀系：此系源出於原始佛教的緣起觀，經大眾部的孕育，至龍樹菩薩而集大成。《阿含經》中說：「此有故彼有，此無故彼無。」「此生故彼生，此滅故彼滅。」這就是講的緣起緣滅的道理。緣生之法，無非假相，故到龍樹的《中觀論》中，就說：「眾因緣生法，我說即是無。」《般若經》是闡揚空義的大乘經典，此所說的空，不是對有而說的虛無之空，乃是捨有而不離有，乃是非空非有的中道觀，所以稱為般若學的中觀系。此系以龍樹及提婆為代表人物。龍樹大約是西元一五〇至二五〇年間的人，提婆大約是西元一七〇至二七〇年間的人。在此二人之前，初期的大乘經典，如般若、華嚴、法華、淨土聖典等，已經成立。在此二人以後，繼起發展此一系統的大師，又有佛護與清辨等人。往後，中觀學者便融於密教之中而在印度消失。
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瑜伽唯識系：瑜伽是禪定的工夫，根源於原始佛教，經過上座部小乘佛教的推演，在西北印度最為盛行，由瑜伽行而得的宗教經驗，稱為瑜伽師的法門。此系所重的一部《瑜伽師地論》，即是瑜伽行者得自宗教修持的自內證，所以託稱由無著菩薩親從彌勒聽聞而傳之於世。實則，此一彌勒既非佛世的彌勒，也非來自天上的彌勒，而是在無著稍前大約西元三〇〇年左右的歷史人物。
至於唯識，就是追尋現象界的根由，無非出於染污的心性──第八識所變現。心性本來不淨的思想見於說一切有部，第八識的先驅思想，則已見於部派之中。唯識學派對於現象界的研究分析，分為色法、心法、心所有法、不相應行法。這是從原始佛教的五蘊無常觀，經過小乘佛教的推演，至無著與世親而集其大成。無著大約是西元三一〇至三九〇年間的人，世親大約是西元三二〇至四〇〇年間的人。在龍樹以後，無著以前，中期的大乘經典，如《涅槃經》、《勝鬘經》、《解深密經》、《入楞伽經》等，也已成立。世親以後，繼起的大師，則有陳那、護法、安慧等人。到了西元第七世紀以後，中觀系及瑜伽系皆因密教的盛行，而入於密教之流。
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淨心緣起系：這是根據心性本淨的大眾部思想而來，有泛神論的色素。這在佛陀時代的原始聖典中，已有線索可尋。唯因為佛陀的宗旨，唯在使人達成解脫的目的，對於本體論及現象論等的哲學問題，佛陀並不重視。但是，由小乘佛教到大乘佛教所產生的哲學方法的解釋觀點，雖然未必出於佛說，只要合乎三法印的原則，縱然是從外教方面吸收來的東西，同樣也是佛法。
淨心緣起的內容，包括有真如緣起觀、如來藏緣起觀、法界緣起觀。《大乘起信論》，即是此一系統的主要論書；大乘的密教，即是此一主流之發展的最高代表。最初由心性本淨而謂眾生本具佛性，然在大乘的顯教尚須於長時間修持菩薩道，始能成全佛性。到了大乘的密教，便倡即身成佛之說，主張以觀想自己與佛合一，觀想成功，也就成佛了。
以上三大主流的分劃，近世的中國佛教界，頗有論諍，太虛大師標名為：1.法性空慧宗，2.法相唯識宗，3.法界圓覺宗。印順法師別有看法，他標名為：1.性空唯名論，2.虛妄唯識論，3.真常唯心論。我是根據大乘思想的源流，參考太虛及印順二師的見解，做了如上的分類介紹。
佛教在印度的滅亡
印度的後期大乘佛教，即是密教。自西元第七世紀，密教漸漸盛行。顯教重於教理的探索，密教重於教儀的遵行，誦陀羅尼真言咒語，築壇供養諸尊，結手印以示諸尊的本誓，建立曼荼羅以配置佛、菩薩、諸天的諸尊。所謂密教，乃是只可心會身行而不可用言語道說的最高原理。密教不是人間成佛的釋尊所傳。釋尊是化身佛，他的報身在色究竟天，稱為大日如來。密教即由報身佛所說的無上祕密大法，勝過化身佛所說的顯教佛法。由於各部密乘的部主本尊均有眷屬，所以把外道的諸天鬼神都納入了密教的護法系統。
密教的開祖是龍猛（Nāgārjuna），直接傳承自本尊金剛薩埵。密教譯成漢文的有兩部重要聖典，一部是《大日如來經》，約在西元第七世紀中葉，成立於西南印度；另一部是《金剛頂經》，是在西元第七世紀末葉，成立於東南印度。由於波羅王朝的崇信保護，密教在印度開出了全盛的花朵。自西元七五〇年至一一九九年之間，這就是印度佛教的最後一景。