從雲棲祩宏的自序內容可知，他所見到的梵網菩薩戒是所有學佛者所應共同遵行的法門。可惜該經沒有全部傳來中土，僅有的上下兩卷也是文義晦澀、深奧難測；雖有天臺智顗為之說過《義疏》，還是微言大義，因此從一個普通人的立場來看，必須重新對其中的隱密奧義做淺顯的披露。書中有「古鏡」、「先燈」這些名詞，都是出於《楞嚴經》和禪宗的觀點；不論僧俗人鬼，乃至於惡道和冥界的眾生，都能由於受梵網菩薩戒而同登盧舍那佛的蓮華藏世界。這和一切眾生都有佛性的涅槃、華嚴思想都是共通的。

可是從他的另一本《梵網菩薩戒經義疏發隱問辯》中，可以看到祩宏的思想雖立足於佛教，卻不屬一宗一派，而是涵蓋面相當廣的；舉凡經咒、戒律、禪定，無不引用，並承認他們具有相等的地位，而且也採用儒道二家的著作和觀點來做菩薩戒的註腳（註二）。

祩宏對於中國的禮俗沒有像廬山慧遠大師那樣主張「沙門不敬王者論」，因為明末的環境不允許佛教徒提出那樣的論點。他說︰「時以佛法為重，優容我等曰勿拜（君父），則遵內教可也。時以人倫為重，定為成式曰當拜（君父），則遵王制可也。此何所據？《薩婆多論》云︰『比丘違王制者得罪。』」這也可以說，佛教既傳入中國這個君主體制且重視君君、臣臣、父父、子子的倫理社會中，