成吉思汗以來蒙古人所用者為塔塔統阿所授的畏兀兒字，故稱發思巴所製者為新字，字方形，頗似土蕃字，字僅千餘。

正由於元世祖尊信發思巴，封為大寶法王，以西藏十三萬戶酬庸發思巴為供養（至元十二年，西元一二七五年，發思巴返藏，途經青海、西康、前後藏，調查各地戶口，總計十三萬），實際是以藏地視同郡縣，設官分職，由發思巴以宗教領袖而兼掌西藏的政權。於是帝師的命令與元帝的詔勅，在藏土同時並行，這就是政教合一制──若以加封帝師而言，乃始於發思巴的叔父薩迦派四祖──從此建立薩迦王朝，直到元順帝至正五年（西元一三四五年），始為迦舉派所奪，先後統治西藏約近百年；每一帝師圓寂，即由同派的繼承人嗣位。同時也在京城廣建精舍寺院，以為東來喇嘛行館，上至皇帝、宗室、后妃，下至大臣、士庶，對於西藏佛教，莫不膜拜皈敬。因此，喇嘛教即遍行於中國及蒙古各地。

發思巴的弟子膽巴，也是一位天才神童，十多歲即已精通諸種密教壇法，後去印度求法歸來，神異卓著，來中國後亦被元世祖尊為國師。

據《元史》所載，此後由西藏來的大元帝師，依次是達爾瑪巴拉實哩、伊特札實琳沁、策喇實巴鄂爾嘉勒、札克嘉勒燦、多爾濟巴勒、桑節札實、袞巴勒藏布、班珠爾戩藏。

元朝最後的皇帝為順帝，受其封為帝師的是伽璘真。順帝昏庸，惑於祕術，