據《聖武記》所載，因達賴一世根敦珠巴，本為西藏王室的後裔，遂因利乘便，集國王教主於一身，漸使黃教掌有政教大權。實則第一世達賴之際，西藏各地，主要仍為紅教諸法王分治局面，達賴縱有政教之權，亦不過是局部。要到第五世達賴之時，由於游牧於烏魯木齊（迪化一帶）的蒙古和碩特部，在明末之世，移牧青海，首領固始汗，將其勢力伸至康藏地方，他使第巴桑節奉第五世達賴居住前藏，由迦爾瑪派紅教的擁護者藏巴汗統治後藏。旋因第巴桑節向固始汗控訴藏巴汗虐待部眾、毀滅黃教，乞師誅討，