先受優婆塞戒及沙彌戒，同時學習梵唄，諳誦偈頌，再學法稱的《因明釋論》；次為彌勒的《現觀莊嚴論》，以及師子賢的《現觀莊嚴論疏》；再學世親的《唯識三十頌》，以及安慧及律天的《釋論》；再學龍樹的般若《中觀論》，以及月稱的《入中論》；又次學一切有部律；最後則學世親的《俱舍論》。到此修畢顯乘，再依阿底峽甘丹派的修學次第，受學密乘法門。

因在宗喀巴出世之際的西藏佛教，已經脫離了阿底峽所示的修學軌範，眾皆貪巧，競以密乘的急速成就為務。所以他要起而提倡修密乘者，應以顯教為基礎；振興佛教，應以清淨戒律為根本，由沙彌戒、比丘戒、菩薩戒、金剛戒漸次增上，並謂：「非僅受時暫起勇進，亦於受後各別隨行，終不違犯。設有違越，亦疾各依還淨儀軌除罪清淨。」（《略論》卷一‧七頁），非如一般誤以密乘的金剛戒是可以不受比丘戒約制的。實則，金剛戒為最上乘戒，斷無受了最上乘戒反而破毀比丘淨戒之理。故說：「若不守護三昧耶及律儀而言修道者，是漂流於密法之外。」（《略論》卷六‧四一〇頁）

《菩提道次第論》的主要依據是彌勒的《現觀莊嚴論》，別依阿底峽的《菩提道燈論》，故其論述次第，亦與《菩提道燈論》大同。不過《菩提道燈論》特別詳明大乘，《菩提道次第論》則通詳凡小，以為下士及中士之學，