最初是由於教義宗名的爭辯，例如：永正年間（西元一五〇四～一五〇六年），山門（比叡山）的圓信，著《破日蓮義》，日憲出而與之筆戰，日澄也著《日出臺隱記》。結果對方便訴之以武力，天文元年（西元一五三二年）攻燒山科之本願寺。天文五年，又將日蓮宗在京都的二十一寺，全部燒毀。並將日蓮宗徒逐出都外。日蓮宗在京都的勢力，一時竟陷於絕跡的狀態。此在日本佛教史上，稱為天文法華之亂。到了天文十一年，又許日蓮宗徒返歸京都。天文十五年，便恢復了十五個寺。這是日蓮宗徒在論爭的措詞方面太過激烈的結果，故在此後，再也不敢輕率破他，所以與山門之間，也能和平無事了。

淨土宗的分派

淨土宗自以然阿良忠為基礎，開出了鎮西流的六派，稱為京都三流及關東三流。

京都三流，即是：1.三條的真悟寺，了惠道光成立三條流。2.一條的華開院，禮阿然空開創一條流。3.宇治木幡的尊勝寺，慈心良空開出木幡流。

關東三流，即是：1.唱阿性真的藤田流。2.尊觀良辨的名越流。3.寂慧良曉的白旗流。

在此鎮西六流之中，以名越及白旗兩流最盛。

名越流，自尊觀，經明心、妙觀，而到聖觀、十聲，傳播於奧羽地方。