又分為新義派及古義派。

新義派有智山的運敞，豐山的亮汰。運敞（西元一六一三～一六九三年）的著述達二百餘部，藏書極多，稱為運敞藏。被人敬稱為近代師，亮汰（西元一六二一～一六八〇年）著有《理趣經深密祕鈔》三卷等數十部。

古義派自慶長年間的西明寺明忍，自誓受戒之後，再興興正菩薩所倡的真言律，大張戒學的講筵。後來於元祿年間出有一位淨嚴，開創江戶的靈雲寺，慕明忍遺範而自誓受戒，繼續弘律。淨嚴之後，即有慈雲（西元一七一七～一八〇四年）出現，盛弘戒律，德化及四方，幕府以高貴寺為其弘律之本山。他將他所弘的戒律，稱為「正法律」，因其主張，大小威儀，百般規範，悉應遵照佛制，正法律之名稱，即出於原始的律藏。

臨濟與曹洞學者

臨濟宗在此期間，有五位人才可足介紹，第一位就是受家康信任的崇傳，他對江戶幕府基礎之建立，參與帷幄，頗著功績。諸宗諸寺的法度，多半係出其手。寬永十年示寂，生年六十五歲。

其次，大德寺的澤菴（西元一五七三～一六四五年），受到三代將軍家光之皈依，創東海寺於東京市的品川區，大振宗風。妙心寺的愚堂（西元一五七九～一六六一年），在江戶（東京市）開龍翔寺，盛弘所宗。