確立其宗學之體系者，特別是法霖的貢獻最大。法霖門下出僧樸，僧樸之門則有僧鎔、慧雲、崇廓、仰誓等人。至第十七世宗主法如之際，宗門多事，學林派的學者與非學林派的學者之間，發生了「三業惑亂」的紛爭，所以智暹著《真宗本尊義》攻擊法霖之說為始，結果是由幕府仲裁處斷而平息。

東本願寺派，首於正德五年（西元一七一五年），設置學頭及講師，由西福寺的惠空擔任，其後經慧然、慧霖，於寶曆四年（西元一七五一年）將學寮移至高倉，增建學舍，擴大規模。再經慧敞、深勵、宣明、大含、德龍等的歷任講師，人數越來越多。

但在江戶時代，雖受幕府的獎勵興學，在思想方面卻也受到幕府的控制，凡有新異之見，即遭幕府的取締，並且加之以刑獄。

佛教的黑暗面

江戶時代的日本，文化中心漸次由京都及大阪而移至江戶，同時儒學及國學勃興的結果，幕府極受影響，儒生漸次抬頭得勢，對佛教則頗不利。

在佛教方面，江戶時代雖然人才輩出，對於社會教育、文化、慈善，也做得很多。可是，僧人生活有了固定的保障，一般缺乏活潑的進取精神，思想沈滯，形成為「讀經佛教」的狀態。同時，僧尼之破戒腐敗，亦時有暴露，