太祖很不喜歡芳遠，所以太宗即位後，太祖就到咸興去了，太宗請無學去遊說，才把太祖勸回京城，承認了芳遠的繼承權。

然而，自太宗（西元一四〇一～一四一八年）開始，便來了一連串的排佛措施。

太宗二年，從書雲觀上書的建議，將諸寺土田的租收，用作軍資，諸寺的奴婢，分屬諸官司。這是李朝排佛，先從控制佛教經濟下手的第一步驟。

太宗六年，由於議政府之啟動，減少寺剎的數量：曹溪及總持（密宗）二宗合為七十寺，華嚴宗、道門宗合為四十三寺，慈恩宗三十六寺，中道宗、神印宗合為三十寺，南山宗、始興宗各為十寺，共計僅留一百九十九寺。這比作當時實有數千寺的景況來，無異是在消滅佛教了！

太宗一生之中，做了唯一的佛事便是在十二年建開慶寺，印《大藏經》納之於海印寺。其餘的凡關於佛教的措施，都是排斥的。十三年，大旱，承政院奏請，集僧祈雨，王說：「旱極必無雨，若有雨即不用釋氏之力。」並說：「卿等勿再論佛。」

韓國歷代王室的山陵乃至士大夫之墓旁，均建僧舍及齋菴，早已成為例規，但是，太宗則說：「山陵者，乃吾百歲後所往之地，有緇徒近於吾旁，