弘仁三年（西元八一二年），至高雄山寺，行金胎兩部之灌頂，復修天皇聖體安穩及鎮護國家之祈禱。弘仁七年，賜紀伊之高野地方為其入定之所。十一年，於東大寺行知識華嚴會。十三年，在東大寺建立真言院。此後即以此為密教的基地，故稱為東寺密或東密。這一年最澄示寂，空海遂集朝野之皈敬於一身了。他為平城上皇及廢太子高岳親王，行灌頂禮，尊榮極於一時。十四年，賜東大寺為真言宗道場，模仿我國長安之青龍寺，當時為鎮護京城的道場，號為教王護國寺，住密宗沙門五十人，禁止他宗門徒於此寺雜居。天長元年（西元八二四年），空海任東寺之別當，此為東寺長者制度之始。

天長八年，空海五十八歲，因病奏准，退居於入定地高野。次年，奏請宮中建立真言道場。天長九年（西元八三五年）的三月，他以六十二歲的世壽示寂。滅後二十二年，即是文德天皇天安元年，追封為大僧正；滅後八十六年，於醍醐天皇延喜二十一年，諡號弘法大師。

空海的著述很多，而以《三教指歸》及《十住心論》十卷為其中心思想之所寄。他以《十住心論》，立足於密教而批判佛陀一代之時教；他以《三教指歸》，立足於佛教而批判儒道釋三教之優劣。《十住心論》是於淳和天皇天長七年奉勅所撰，是當時的六部宗論之一。其他尚有華嚴宗的普機，三論宗的玄叡，