由於三千諸法在於剎那一念，便構成了三諦圓融的理念，也就是說，當在成道之時，此一本有之理，即能以一身一念而周遍法界，顯現三千即空之德，便成般若；顯現三千即假之德，便成解脫；顯現三千即中之德，便成法身。也就是開示悟入三德之祕藏了。

已如前述，一念三千之說，乃是智者大師晚年的思想結晶，唯到《摩訶止觀》，方始開演出來，在此之先完成的《法華玄義》卷二上，以及《法華文句》卷二上等處，雖已論及十界十如的互具互融，但尚未及三千之說。此在荊溪湛然的《止觀輔行傳弘決》卷五之三，也做了如下的論述：「大師於覺意三昧，觀心食法，及誦經法、小止觀等，諸心觀文，但以自他等觀，推於三假，並未云一念三千具足。乃至《觀心論》中，亦祇以三十六問，責於四心，亦不涉於一念三千。唯四念處中，略云觀心十界而已。故至止觀，正明觀法，並以三千而為指南，乃是終窮究竟極說。」（註三）

這是湛然大師對於智者大師，在觀心思想體系上的發展過程，所做的源流追索。但是，智者大師，何以在晚年之際發現了這麼一個重要的思想呢？這恐怕與《華嚴經》有著極大的關聯。甚至可說，他在《摩訶止觀》所示十乘觀法的第一觀不思議境，述及的一念三千，已很明顯地表露著，是依照《華嚴經》