從印順長老為了復興佛教暢佛本懷的出發點看，他雖欲與世無諍，卻又不得不辯護。不是為他自己辯，乃為正法受到了歪曲，故挺身而出，終身都在找人辯論，找今人辯，也找古人辯。其中較具代表性的，至少有如下幾種：
- 〈評熊十力的新唯識論〉：指出熊十力未以佛法來處理唯識思想，乃是以滿足哲學本體論的求知欲為目的，故有「融佛之空以入易之神」的基本錯誤，乃為假想的玄學，其根本在於「援佛入儒，揚儒抑佛，不出理學者的成見」。又指出：「新論所會通的般若空寂、破除情見等，到底是儒家沒有說明的，即以『莫須有』的辯論法來掩飾。」熊氏以「引而未發」、「大概」、「或者」、「亦未可知」等語支吾過去。類似的玄學式論法，均非嚴謹的印度論證方法所許（註九）。
- 〈神會與壇經〉：這篇文章的副題是「評胡適禪宗史的一個重要問題」。由於胡適在巴黎、倫敦發現了敦煌寫本中有關神會的作品，而論斷《六祖壇經》的敦煌寫本是《六祖壇經》的最古之本，其書成於神會或神會一派之手筆（註一〇）。但是經過印順長老的考據，由於《六祖壇經》中與神會門下所說相合的只是《六祖壇經》內容的一小部分而已，所以推翻了胡適的主張。當胡適的觀點一出現，佛教界的若干人士僅用禪理的如何高深，並強調《六祖壇經》對中國文化如何貢獻，且有以人身攻訐的言論，都不能使識者心服口服，唯有印順長老站起來說：「唯一可以糾正胡適論斷的是考據。」（註一一）此為傳統的中國佛教界，帶來了學術化的新風氣。
- 〈大乘三大系的商榷〉：太虛大師對印度大乘，立三系名稱：法界圓覺宗、法性空慧宗、法相唯識宗。印順長老則指出：太虛大師著重中國宗派而用印度三系來含攝。印順長老著重印度經論，並認為從全體佛教去看，有的從法相而歸宗唯識，也有不歸宗唯識的。故於民國三十年（西元一九四一年），創說新三系：性空唯名論、虛妄唯識論、真常唯心論（註一二）。此對現代中國佛教思想有極大的啟示作用，在現代國際佛教學術界，則將三系名為中觀學、唯識學、如來藏學，其涵蓋面則不若印順長老標示的三系名稱來得深廣。
- 〈上帝愛世人〉：這是因為基督徒到印順長老新建的慧日講堂贈送《新約》、《舊約》，勸他研究研究，使他覺得太過分了，而他對於上帝的博愛，難以理解，無法接受，那種為了愛你而非統治你不可，為了愛人，不惜毀滅人類，重新開始。他所得的結論是：「上帝與人為主奴關係。」並指出《聖經》中的愚民政策、分化政策，是現代馬列主義的源頭。此文發表後，引來香港吳恩溥牧師及臺灣龔天民牧師的反駁，印順長老便再寫一篇〈上帝愛世人的再討論〉及〈上帝與耶和華之間〉（註一三）。現代佛教界中，曾與基督教諍辯的人，尚有煮雲法師及我本人。數百年來的中國近代佛教徒，一向誤以怕事、退縮、投降為忍辱的美德，看來這一代的有一些人，就有點不一樣了。
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對律制的辯論：印順長老不是傳統佛教的律師，但他對於戒律問題特別注意，討論得很多。他說：佛教戒律的特色是「道德的感化和法律的制裁，兩者統一起來」。在依戒律生活的僧團裡，「大家都有共同的信念，淨善的行為，彼此和睦，這就是佛教戒律的特質，而發生偉大的作用──正法住世。」然又以為現在的中國佛教，並沒有依律而住的僧團，故他主張：「把這裡面的精神原則，用現在的方式去實踐。」
印順長老也曾討論過「中國佛教制度」，他說：中國未曾照著印度僧制實施，所以向著：國家管轄制及禪僧叢林制的兩個方向發展（註一四）。他也討論了尼眾的八敬法問題（註一五）、僧裝問題、僧衣染色問題、建設在家佛教問題等（註一六）。他不是拘泥承襲律制傳統形式的人，而是深入律藏而對現代社會，指出方向原則的思想家。可惜他自己沒有建立僧團，也未真的依據印度律制的精神原則，設計出一套比較可以適應現代社會的僧團制度來。單從這一點看印順長老，倒頗近於只會看病而拙於治病的學者風貌了。他是開了藥方及藥名，卻未告訴我們每一味藥的分量及焙製方法。
（本文於一九九一年四月七日「印順導師思想研討會」中宣讀，地點是臺北市國立師範大學國際廳）