臺北商務印書館為蔣義斌出版了《宋代儒釋調和論及排佛論之演進──王安石之融通儒釋及程朱學派之排佛反王》，臺北東大圖書公司於一九九〇年為中華佛學研究所主辦召開的「第一屆中華國際佛學會議」，出版了中文部分的論文集《從傳統到現代──佛教倫理與現代社會》。我所主持的東初出版社
（編案：法鼓文化公司前身）
也為中華佛學研究所的關係學者，出版了十多種屬於研究性的論著及工具書，例如冉雲華的《中國禪學研究論集》、《中國佛教文化研究論集》，曹仕邦的《中國佛教譯經史論集》，釋昭慧的《如是我思》（論集），釋聖嚴的《大乘止觀法門之研究》、《明末佛教研究》，釋惠敏的《中觀與瑜伽》，鄧克銘的《法眼文益禪師之研究》、《大慧宗杲之禪法》、《張九成思想之研究》，陳玉蛟的《阿底峽與菩提道燈釋》、《宗喀巴的現觀莊嚴論金鬘疏釋義》，蔡運辰的《二十五種藏經目錄對照考釋》等。臺北新文豐出版公司，出版了李世傑的《漢魏兩晉南北朝佛教思想史》，顏尚文的《隋唐佛教宗派史之研究》，江燦騰的《晚明佛教叢林改革與佛學諍辯之研究──以憨山德清的改革生涯為中心》和《現代中國佛教思想論集（一）》。

此外，在近十多年中的臺灣，也出版了幾部史料性、資料性、學術性的文集或論集，那便是正聞出版社，為印順法師出版了共計二十四冊的《妙雲集》，演培法師的《諦觀集》共計二十五冊，幻生法師的《滄海文集》計四冊。新文豐出版公司為默如法師出版了《默如叢書》計五冊，為蔡運辰出版了《如是庵學佛謄語》