從原則上說，大本山的地位是永遠不變更的，但到江戶幕府結束之後，政治上的規定便失去時效，尤其到了二次大戰以後，好多有名有利的寺院派系，即行脫離原屬的大本山，自行成立一派，獨立門戶，另向政府申請為新的合法宗團。原因倒不是在於另有了新的宗義，或出了偉大的祖師，乃是為了不願讓大本山來分享它們的利益。例如奈良的法隆寺，原屬於法相宗的藥師寺及興福寺管下，但在實力上已超過了大本山，故到昭和二十五年（西元一九五〇年），即脫出所管而自成一派「聖德宗」。鎌倉的建長寺與圓覺寺，皆係中國高僧所建，然在派系上屬於臨濟宗，因其實力強大，便成立了建長寺派與圓覺寺派。再如東京的淺草觀音寺，本屬於天臺宗，由於它的財團力量雄厚，也於昭和二十五年，脫出了天臺宗，自行成立「聖觀音宗」。

以上所舉獨立門戶的數派，尚係寺院的集團，更有由於根據昭和二十六年日本政府所頒「宗教法人法」的保障和許可，全國共有一千五百所單獨的寺院脫離舊屬的大本山而自行向政府登記。但其在日本的社會中，所失多於所得，日本是一個習慣於群體活動的民族，如果不屬於某一群體組織，至少有三點不便利：1.在社會上的地位孤立，2.養成佈教人員的不易，3.宗教事業無法靈活而形成停滯。

再說各宗各派的大本山，除了生財事業的經營，尚能涉及教化、