二月十七日歐陽竟無卒，大師輓有「我尤孤掌增哀」之句。是年於漢藏教理院講「中國佛教」，對中國獨創之佛學，作一縱貫之敘述，講歷一年。那年內政部頒布「寺廟興辦公益慈善事業實施辦法」，至各地佛教陷於紛亂，大師乃召集中國佛學會理監事聯席會議，發電呼籲反對，內政部不允取消，大師乃致書蔣主席，作悲憤之陳辭，而得停止實行。

五十六歲，號召各省佛教代表，來集陪都，除呼籲取消「寺廟興辦公益慈善事業實施辦法」，且呼籲組成中國佛教會，但因內政部意在提寺產辦學，大師與戴季陶、屈文六等商洽向內政、社會兩部疏通成立佛教整理委員會，由內政部指派整理委員九人，提寺產辦學之案無形打消。是年三月十五日，大師訪教育部長陳立夫，得允免漢藏教理院員生緩役事，又訪軍政部長，以全國僧侶免役從事救護工作為請。六月十二日，行政院指令軍政部，准免漢僧服常備兵役。八月九日太虛大師初次中風。初冬，蔣主席遊縉雲山與大師晤談。

五十七歲，民國三十四年（西元一九四五年）七月四日，太虛大師以德國投降，乃作〈告日本四千萬佛教徒〉，勸其慨然無條件投降。八月十日，日本真的無條件投降了。九月十四日，太虛大師離開住了八年的縉雲山。

五十八歲，民國三十五年（西元一九四六年）元月一日，