佛法的實踐，不出戒、定、慧的三大綱，合稱「三無漏學」。其中聲聞戒重在不犯惡行，大乘菩薩戒尤重利他善行，所以，大乘行者若不度眾生便算犯戒。〈坐禪儀〉的目的在於教授坐禪時的注意事項，於坐禪之時自然不犯惡行，《增一阿含經》卷二十中有將不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒的五戒，稱為「五大施」，所以大乘菩薩，只要再發起大悲心，便算持戒。

坐禪稱為精修三昧，這是大乘菩薩修學般若的必經過程，目的是為廣度眾生。什麼叫做三昧？原係梵文Samadhi，漢譯為定、正受、息慮凝心之意。《大智度論》卷五有云：「善心一處住不動，是名三昧。」卷二十八又云：「一切禪定，亦名定，亦名三昧。」以聲聞乘而言，三昧即指九次第禪定；以大乘菩薩而言，三昧是涵蓋聲聞的次第禪定，更是如《六祖壇經．定慧品》所說的「定慧一體」，而且更重視慧。所以《六祖壇經．般若品》特別強調修習持誦《金剛般若經》的般若三昧，天台宗則以持誦《法華經》名為修持法華三昧。

此處〈坐禪儀〉所稱的三昧，主要是在於打坐，若以天台智者大師在《摩訶止觀》中所舉的四種三昧而言，此處應屬於常坐三昧，無怪乎日本曹洞宗主張用「只管打坐」來修般若智慧，鼓勵採用〈坐禪儀〉的教導，作為坐禪者的入門方便。