特別經過幾次佛教與印度教的大辯論以後，佛教僧侶更是幾百幾百地皈向印度教。

佛教界的有心之士，為了尋求生路，便吸取印度教的特長，為佛教所用，而形成了中觀派瑜伽行的晚期大乘的特色－就是無上瑜伽密教的完成，它採取了印度教的修法，以佛教的觀點加以說明和疏導，有其實際的效果和長處，是為印度傳到西藏的大乘佛教原型。

由於密教和印度教界限的混同和類似，便註定了佛教在印度可有可無的命運。直到今天的印度教徒，還說︰佛教已被印度教接收到融於印度教內，釋迦世尊是他們梵天的第七個化身。佛教的名目，雖在印度滅亡，佛教的部分內容仍活生生地存於印度教之內，有沒有佛教的名目，實無兩樣。可是，印度教是有神論的，佛教是無神論的，雖然彼此混淆，根本教義，仍大不相同，因此，真正的佛教在印度其實已經滅亡了。

佛教在印度的滅亡，並不完全是由於密教的盛行，回教徒的入侵，也是主要的原因。在西元第十世紀後半期開始，回教徒從印度的西北攻進印度，所到之處，必將原有的佛寺焚毀，所有的佛教徒趕盡殺絕，僧侶倖存者則紛紛逃亡。到了十一世紀和十九世紀之末，回教在印度成立了王朝，佛教徒不改宗回教，便進入了印度教，因此，佛教便遭到了徹底滅亡的命運。