在國內，聖嚴法師有三個機構：一是中華佛教文化館本館；二是農禪寺；三是中華佛學研究所。

以文化館本館來說，活動比較少，實際上，文化館是以佛研所的教育工作為主。農禪寺，一方面是清修，一方面也是接引社會信眾學佛的活動道場。有定期的禪坐初期訓練班、定期的念佛共修會、定期的打坐共修會（每星期一次）、講經、演講及其他活動。「東初出版社」及「人生雜誌社」亦均設在寺內。聖嚴法師如果在國內，一定會對外開設講座──每星期日上午固定的講經、下午的開示，週六念佛會的開示，及每年兩次的佛七共修會。

聖嚴法師每週對內部開講二至三次的課程，有時也接受外面的居士去聽課。而每天早齋之後，經常仔細地對內部做知見上、修行上、生活上或工作上的指導。有時為著某些活動上的需要，也會把十幾個弟子擠滿他那間小小的方丈室，令大家席地而坐，在溫馨、融洽、互相鬥嘴中，談上個把小時，將問題一一解決之後才解散。這時，真像父親帶著一群活潑、率真、幼小而吵鬧的兄弟姊妹一般。而這種方式卻經常是問題解決之最快速、最周詳而圓滿的方式！

聖嚴法師在農禪寺，也經常接待各式各樣的訪客，諸如家庭、事業、人事……上有問題的，或請教他修行上問題的；有些政府官員，或是名流人物，