萬曆二年（西元一五七四年）因風雨毀寺殿。四年，鹽院王公曉、海防按察使程公璧，州守林公雲程，重修殿宇。三十年重修藏經閣及大雄殿。四十三年，總兵張公彥芳，重修關神廟。

天啟六年（西元一六二六年）總兵王揚德，新建雄跨亭於山西南，建濯足亭於金剛殿西。建王靈官祠於山右之老虎堂。

崇禎元年（西元一六二八年）建軍山寺於軍山之巔。

從《狼五山志》所見狼山的殿宇建築，初在山南正面的山麓，次至山頂的支雲塔、江神殿、大聖殿、萃景樓，以及山腰的半山亭、四賢祠、關神廟。迄明末為止，尚未見到福慧庵、白衣庵、鼎興庵，以及我出家的法聚庵之記載。無怪乎文革之後，重新修復的狼山，將法聚庵改成素菜館，白衣庵、福慧庵及鼎興庵，已不見踪影，連關神廟也不復存在。

這次見到的狼山殿宇，由山門拾級而上，兩側是大悲、輪藏二殿，正面是大雄殿改名的法乳堂，其右側原是三元宮，現在與狼山小學合併，包括藏經樓，皆屬法乳堂的範圍。向上是幻公塔，塔左是原為法聚庵的素菜館。塔後是新建的明碑亭、康熙碑亭，往上是已用作倉庫的四賢祠，再往上便到山頂部分，依次是觀音臺、靈官殿、萃景樓、慈善門、江神殿、支雲塔、大聖殿，