未毀的也被沒入博物館了。一九六六年八月，由於文革毀寺逐僧，一度交由園林部門管理。一九七九年大陸為了運用宗教吸引海外僑胞，利用佛教名勝古蹟，發展旅遊事業，改變國際人士對於大陸的印象，故又找回僧眾，稱為「落實宗教政策」。目前住僧二十來人，多半是六十開外的老僧，僅少數幾位是剛從棲霞山佛學院畢業出來的青年比丘。茗山法師即兼任棲霞山的方丈。

焦山定慧寺，傳說創於東漢獻帝興平元年（西元一九四年），名為普濟庵，北宋名普濟禪院，元名焦山寺，清聖祖康熙四十二年（西元一七〇三年）改為定慧寺，並頒御題寺額。

大雄寶殿則由唐代玄奘三藏的弟子法寶初建，後唐枯木禪師重建。北宋哲宗元祐三年（西元一〇八八年），金山的佛印了元禪師，來住此院。至明英宗正統年間（西元一四三六～一四四九年），擴建了天王殿、藏經樓、千佛閣、海雲樓等殿宇近百間，規模壯麗，遂與金山齊名。明孝宗弘治年間（西元一四八八～一五〇五年），又加建了禪堂、齋堂、海雲亭、吸江亭、觀音閣等處。

茗山的《焦山資料》（手稿影印本）中，敍述民國二十三年（西元一九三四年）時的焦山定慧寺全部殿宇是這樣的：「三門上有『勅賜焦山定慧禪寺』豎額，門口兩旁各有一座石獅。門內迎壁嵌有『海不揚波』四大字。天王殿進去，