東畫廊、西畫廊、東方丈、西方丈,共計六座配殿、兩座畫廊、兩座方丈。這些建築,各以一座正殿為主體,組成一個獨立的四合院,各院之間分別以宮牆、山門、花園和樹林分割,自成體系,互不干擾。在六座主要院落的東西兩處,各連有九座禪院和僧舍。東側一線為東新院、會宗院、東廚院、定義院、覺林院、洪濟院、雲集院、東茶寮、栴檀林、東井亭;西側一線為西新院、興善院、西廚院、慈經院、西茶寮、選佛場、常東院、法林院、西井亭。共計十八座院落。寺門前是一座高大的影壁,前為花木蔥鬱的南園,後對本寺的正門,名為排梁門。兩側為碾房、倉房。

據明清兩代的地方誌和碑誌的記載,其大雄寶殿,門面寬九間,高十餘仞,「周以白石欄楯、螭首、承霤、海魚」以為裝飾,因而被喻為「玉佛殿」。雖然該寺多數建築已毀於清代的大火,但從寺內現存的大悲殿的建築,可以作為大雄寶殿的木雕模型來看,無論在建築的雄偉、使用材料的考究、裝飾的繁富、做工的精細,都不是一般寺院所能相比。

當年這座皇宮式的群體建築,總數有數千間之多,卻錯落有致,布局整齊,保留了中國古代建築以中軸線為基準,左右兩軸線嚴格對稱的傳統風格,它的最大特色則在中軸線上最後一殿是朱元璋的生祠,供著當時皇帝的牌位。