逐漸發展成為包括了聞思、續部上、續部下、醫藥、時輪及喜金剛等六大學院，以及一百多個附屬寺院，和八大教區的大型寺院。成為西藏以外，藏傳佛教格魯派在中國西北地區的最高學府。前往朝聖的藏民信徒，終年不斷，最盛時期，寺內住有四千位僧侶。

該寺開山嘉木樣一世，原名俄昂宗哲，清世祖順治五年（西元一六四八年）出生於夏河縣甘加鄉，十三歲出家受沙彌戒，二十歲赴藏留學，二十五歲獲得學位，二十七歲於達賴五世座前受比丘戒。五十三歲時，達賴六世應郭莽學院僧眾的殷切請求，傳法予俄昂宗哲，任命為哲蚌寺郭莽學院堪布（住持職稱）。他在連任堪布八年後，於康熙四十七年退休離職。同年，又受拉藏汗之敦請，任盤石寺住持。康熙四十八年正值他六十一歲，青海黃河南蒙旗（今青海省河南蒙古族自治縣）親王察汗丹津，