路過天童寺，即被郡中懇請留住。此其間，宏智正覺禪師於宋高宗紹興八年（西元一一三八年）去了杭州靈隱寺，不過不到八個月，又回到了天童山，前後住此三十餘年，十方僧眾來歸者逾千人，同時增建了三門、千佛閣、盧舍那佛閣、僧寮等寺舍千餘間；又設置寺產、整頓寺容，煥然一新而成為禪宗的五山之一。宏智正覺即圓寂於此寺，金身亦葬於此寺之東方約二里處。這是大振曹洞宗風，中興天童禪寺的鼎盛時期。

南宋光宗紹熙四年（西元一一九三年），虛庵懷敞禪師擴建千佛閣，三易寒暑竣工，高三層十二丈，隱接雲霄，宏麗甲於東南諸省。

日本臨濟宗高僧明庵榮西禪師，也於南宋孝宗淳熙十六年（西元一一八九年）隨著虛庵來到了天童寺。南宋寧宗嘉定十六年（西元一二二三年）日本高僧希玄道元禪師，到了天童山，謁見了無際了派禪師；南宋理宗寶慶元年（西元一二二五年）曹洞宗第十三代祖師長翁如淨（西元一一六三～一二二八年）陞座，道元又來天童寺請益，如淨是曹洞宗的大宗匠，道元也就是得法於如淨的門下，回日本後開創曹洞宗脈，成為如淨的嫡系。直到現在，日本曹洞宗派下的諸寺子孫，還是以天童寺為他們的源頭祖庭。日本曹洞宗大本山～永平寺的建築規模，大致上也是模擬著天童寺的格局。