始建於明代，稱為祇樹庵，在清聖祖康熙年間（西元一六六二～一七二二年），它是化城寺的東序寮房，到清仁宗嘉慶年間（西元一七九六～一八二〇年），才獨立成為叢林。當時的住持隆山，在八十二歲時圓寂，三年後開缸，顏色如生，寺僧裝金供奉，而在民國時代，肉身被毀。清德宗光緒三十年（西元一九〇四年），此寺成為九華山四大叢林之首，民國十四年（西元一九二五年）時，段祺瑞贈額祇園寺「慧日常明」四個字。一九八五年，在此寺舉辦「安徽省佛教九華山僧伽培訓班」。第二年九月，該寺恢復十方叢林制，仁德為首任方丈。該寺的建築殿宇，是依著山勢層層疊疊、迴旋曲折、鱗次櫛比、氣勢磅礡，為全國重點寺院之一。此寺的建築群，由靈官殿、彌勒殿、大雄寶殿、客堂、齋堂、庫院、退居寮、方丈寮、光明講堂等九座單體建築物組成。除彌勒殿及大雄寶殿是宮殿式之外，其他均為民居型式。它們部署在四層的臺基上。各殿不在同一中軸線，乃依地形而建。

臨別之時，仁德長老贈送我一尊一尺多高木雕金裝的地藏菩薩坐像，也跟我們全體團員做了開示，同時還依依不捨的把我們一直送到該寺的山門外。這是我們這趟大陸朝聖行程中，遇到長老級的方丈，而且又待我們如此親切禮遇的少數。我問他有沒有新編的《九華山志》，他說一九九〇年出版過五千冊，現已絕版了；到了當晚八點，不知他從何處找到了兩冊，派侍者送來了聚龍賓館。