太虛大師也囑其為武昌佛學院的研究班，指導三論之研究，以此可見，棲霞山也是印老的法源所在。

在陳、隋以及唐太宗貞觀年間（西元六二七～六四九年），有一位智聰禪師住於該寺，受戒的僧俗弟子有三千多人，盛極一時，到了唐末武宗會昌年間（西元八四一～八四六年），殿宇全毀，唐宣宗大中五年（西元八五一年）重建，改稱妙因寺。宋太宗太平興國五年（西元九八〇年）改號普雲寺，到宋真宗大中祥符元年（西元一〇〇八年）改名棲霞禪寺，到明太祖洪武二十五年（西元一三九二年），冊封為棲霞寺。

棲霞山雖為江南佛教古剎，隋唐以下該寺出的人才不多，有資料可見者，明初有素庵真節，明武宗正德十六年（西元一五二一年）有袁了凡的師父雲谷法會禪師，擔任住持，興建殿宇，廣接四眾。此後直到民國初年，有宗仰上人復興該寺，根據這次在棲霞山所得的小冊子《棲霞山簡介》，對於宗仰上人和該寺的因緣，有如下的介紹：

宗仰上人（西元一八六一～一九二一年）於西元一九一九年來棲霞寺任方丈，他不但精通佛法，詩畫金石也卓然成家。西元一九〇一年在上海，時與章太炎、蔡元培、鄒容等革命名流交往甚深，創辦《蘇報》，鼓吹反清，號召革命。第二年，宗仰被清廷通緝，流亡日本，結識孫中山，曾慷慨傾囊資助革命，