聖嚴法師表示，這是人類邁入二十一世紀初的一大悲劇，雖然事件發生在美國，但影響的卻是全世界每一個人，造成人心普遍惶惶不安，充滿恐懼。因此他特別呼籲全世界各宗教人士，一致為此事件祈禱，希望不論是東西方宗教，不分傳統或新興教派，不論教團大小，都能為災難後的全世界人心安定而努力。

對肇事者的處理，聖嚴法師也提出「應適當、合理處理，勿損及無辜」的呼籲，尤其不要採取報復性的手段，以免造成永無止盡的殘殺。聖嚴法師表示，主事者策動如此兇猛激烈的手段，必然有其長久以來所累積的因素，是由於信仰、思想的偏差與激進，造成行動的殘暴。

針對這一點，聖嚴法師再度嚴正指出，如果對所信仰的宗教，發現有與世界和平牴觸之時，應該做出新的詮釋。因為所有的宗教應該都是主張和平、寬恕、愛人、離地獄上天堂，為什麼還會有此殘暴的行動？

對於這一觀點，聖嚴法師是在西元二千年出席聯合國宗教及精神領袖高峰會議時，已於開幕演說中提出：「為了世界的永久和平，如果發現你所信奉的教義，會有不能寬容其他的族群之點，或有與促進世界和平抵觸之處，都應該對這些教義，做出新的詮釋。」