在台北市民政局、文化局及都市發展局組成的「台北市古蹟暨歷史建築審查委員會」經多次審查之後，正式將農禪寺提為台北市歷史建築之一。根據《文化資產保存法》第三條內文，歷史建築乃是指未被指定為古蹟，但具有歷史、文化價值，足以為時代表徵的古建築物、傳統聚落、古巿街及其他歷史文化遺蹟。

農禪寺是法鼓山的發源地，法鼓山近年來已發展成國際性的團體，尤其推動「心靈環保」理念，在台灣和國際間均引起深刻回響，深獲各界肯定。有鑑於此，台北市政府不希望農禪寺遷離台北市；如果農禪寺離開了台北，對台北市民應是一項損失。在「台北市古蹟暨歷史建築審查委員會」將農禪寺提為台北市歷史建築之後，同年六月，也獲台北市政府市政會議通過。