唯識學派的阿賴耶識，是從凡夫的造業受報而說的雜染虛妄識，這也是從《阿含經》以來，代表著凡夫對五取蘊、十二處、十八界的愛著，演變而成有情眾生的總報果體，名為第八根本識，而有唯識學派的能藏、所藏、我愛執藏之說；真諦所傳的阿梨耶識，則有解性、果報、染污的三種性質，以及有漏無漏、是無常是常的染淨兩種面相、兩個名字。

《大乘起信論》，是將阿梨耶識，置於真實與虛妄和合的交集點上。《起信論》的理論架構是一心二門：一心是真常心，二門是真如門及生滅門。阿梨耶識是依如來藏而有生滅心，但是阿梨耶乃為生滅與不生不滅的染淨和合識，它雖不是真如，卻亦與不生不滅的真如如來藏，非一非異；對於不生不滅的真常心自體而言，名為真如，對於有生滅及不生滅和合而成的阿梨耶識而言，名為如來藏。其實，不論是真如、是如來藏、是阿梨耶識，法相雖異而實體皆不離一心，皆從一心出，還歸於一心。因為阿梨耶識，能攝一切染法淨法，能生一切染法淨法，所以此識又有覺與不覺的二種功能。覺的功能便是法界一心的平等法身；不覺的功能，又分為本覺及始覺的兩個層面，若以始覺、覺本覺，