由此本覺真如，隨於染緣，而將本覺分為二種相，雖為二相，仍不捨離本覺。何謂二種相？（一）「智淨相」是由真如熏習之力，如實修行，破阿梨耶和合之相，滅五意的相續心相，而法身顯現，由於智體本來淳淨故。（二）「不思議業相」是因智體既淳，即能隨著眾生根器，自然與之相應，示現種種，作利益事，由於恆常永不斷絕故（大正三十二，五七六下）。此種由本覺真心的隨緣不變，不變隨緣的思想，是一種從果論因的思想，是由如來的本覺而推演出隨染的大用，跟《華嚴經》的性起思想是相通的，所以宗密大師也在《原人論》中，引用《起信論》作為論證，證明人之本原，即是本覺心源，如此的觀點，始為究竟。

不過，正如前說，本覺一詞，並非僅見於《起信論》，例如《金剛三昧經‧本覺利品》有云：「一切眾生本覺，常以一覺，覺諸眾生，令彼眾生，皆得本覺，覺諸情識，空寂無生。」（大正九，三六八中）又有偈云：「一覺本覺利，利諸本覺者，如彼得金錢，所得即非得。」（大正九，三六九上）這是說，由於一切眾生皆具本覺，佛則常以一覺利諸眾生，使諸眾生悟得空寂無生的本覺，因為原來就是眾生本具，是以悟得亦非真有所得。此外尚有與本覺一詞同義異名的，