除了六識是主人翁，別無其他識。到部派佛教時代的大眾部等，認為六識之外，尚有一個根本識的存在；於是到了大乘佛教的唯識學派時代，便發展出了七識、八識，認為一切萬法，都是從第八阿賴耶識的種子開發出來，因此而構成了阿賴耶識緣起的思想，也就是說宇宙萬物的根本，便是第八阿賴耶識。八個識，又名為三能變，初能變即是第八阿賴耶識，第七識是二能變，前六識是第三能變。由於第八識中潛在之功能而令生起一切諸法的差別相來，所以直到佛果位，都可名為一切種識。可見，不僅凡夫身的根本是阿賴耶識，直到佛果位的根本，雖不名為阿賴耶識，仍與轉成了大圓鏡智的阿賴耶識有關。這便是阿賴耶緣起論的本體觀及現象論了。

佛教緣起論的思想，尚不止於此，另由分別說系的論師，主唱心性本淨說，輾轉而完成了如來藏的教義，認為萬法皆由如來藏心發生出來，便被稱為如來藏緣起論。中國的華嚴宗，依據《華嚴經》，又開出了十十無盡的法界緣起觀。真言宗也提出了地、水、火、風、空、識的六大緣起觀。這些都是屬於佛教思想發展史上的宇宙萬物根本論。