聖首返於心的本淨，所以心能自緣其自己的本性，這也與後來大乘菩薩心的作用一致。大眾部又有「隨眠」與「種子」說，它將隨眠與「纏」分開，以隨眠是煩惱的種子，纏是現行的煩惱；種子是潛伏著的因素，現行是發生了的事實。這一種子思想，也與後來大乘的唯識有淵源。

對於有部來說，則與大眾部相反，認為心性本來不淨，認為心不能自緣，認為隨眠就是煩惱。同時，《成唯識論》卷三（《大正藏》三一‧一五頁上）中說到「大眾部阿笈摩（阿含）中，密意說此名根本識，是眼識等所依止故。」這個為眼等六識所依止的「根本識」，與犢子部的「非即非離蘊我」的「補特迦羅」類似。化地部承此而立「窮生死蘊」。正量部的「果報識」，經量部的「細意識」或「一味蘊」，作用大同，為業之所依而流轉生死。到了大乘佛教，便成了阿賴耶識的思想。大乘阿賴耶識，實由部派佛教而出，大眾部的根本識，則早已在原始聖典中胚胎於第六意識的功能。

有部看有情眾生，是基於無常無我的原則，以有情為五蘊的假合，乃是一種機械的實在論。對於有情生死的觀察，則唱生有、本有、死有、中有的四有說。「中有」是死後至投生期的靈體，是一種微細的物質（色法），但這中有的觀念，卻不為分別說系的上座部所接受。