固始汗即於清世祖順治二年（西元一六四五年）出兵攻滅後藏的藏巴汗，將後藏的札什倫布寺交給達賴之師班禪居住。固始汗雖使其子達顏汗留居後藏，管轄西藏政治，因其尊信達賴，所以，前藏政治仍由達賴座下的大臣第巴桑節主持。此為黃教統一西藏之始，亦為達賴與班禪分治前後藏之肇始，也是蒙古人為西藏藏王統治西藏之始。

第五世達賴之於清朝的接觸，最先是在清太宗崇德七年（西元一六四二年），達賴遣使至盛京（今之瀋陽），貢表稱「曼殊舍利大皇帝」，有謂「滿洲」之名，即由曼殊的轉音。清廷亦遣使報聘，並稱達賴為「金剛大士」。清順治九年（西元一六五二年），五世達賴至北京入覲，清廷封為「西天大善自在佛領天下釋教普通鄂濟達賴喇嘛」，此為黃教在西藏向中國政府取得合法的法王地位之始。不過，當時的達賴，雖為政教最高領袖，他的實際權力仍在於教務而不在政務，政治實權仍操之於第巴桑節之手。第巴桑節遂「挾天子以令諸侯」，以達賴之名而推行政令，故當五世達賴於清聖祖康熙二十一年（西元一六八二年）圓寂，第巴桑節密不發喪，並以達賴之名請准清廷封他為土伯特國王，而與固始汗在西藏繼立的孫子拉藏汗對立。到了康熙三十五年（西元一六九六年），清廷獲悉達賴已圓寂之後，第巴桑節乃密呈經過，並謂六世達賴已十五歲，名為羅卜藏仁清札陽嘉穆錯。旋因拉藏汗襲殺了第巴桑節而另立伊西嘉穆錯，