此其間印度佛教經過多次的嬗變，初後頗多不同。其初二百餘年，學派紛紜，顯密異趣，而與昔來一貫的學風殊異；其後五百餘年，唯有密教由激揚而至於滅亡了。故將前者稱為分化期，後者稱為衰頹期。西藏佛教的輸入，便在後面的五百餘年之間，可是，密教為主的大乘佛法，並非不要顯教的基礎，所以，介紹西藏密教，仍須從世親的傳人說起。
世親的四大傳人
這一節的敘述，我將依據呂澂所著《西藏佛學原論》為主要的參考資料，呂氏所用的資料，乃係取自藏人多羅那他（Tāranātha）的《印度佛教史》，該書成於明神宗萬曆三十六年（西元一六〇八年）。恐有掠美之嫌，故先說明。
世親在印度佛教的思想史上，乃是一位空前絕後的大菩薩，以他一人而集大乘佛法的大成，他的博大精深，以致在他之後的學者，竟無一人能夠通盤繼承。因此，他有四大弟子，分傳四個系統。
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由安慧傳承毘曇學：安慧生於南印度，據說他於世親的著書，無不重疏，但他特精毘曇，西藏傳其詳釋《俱舍論》，漢土也說他合糅《雜集》。他的弟子月官，是東印度人，對於一切聲明、經、咒，無所不悉，後住那爛陀寺，遍造五明諸論，廣弘《十地論》、《月燈三昧經》、《四十華嚴經》、《楞伽經》、《般若經》，造釋千部。安慧的再傳弟子，則有寶稱。同出於安慧門下的另有廣釋《俱舍論》的滿增，再傳則有勝友。勝友後入西藏。
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由陳那傳承唯識因明：陳那生於南印度，歷住那爛陀寺及歐提毘舍，相傳他熟持之經達五百種，無不融合。著述繁多，不下百部。後將他自著的唯識因明諸書，編輯剪裁，成為《集量論》，此乃因明學的集大成者。他的一傳弟子是護法，也是南印度人，通曉內外宗義，辨解自在，縱橫無礙，講說註疏，尤以依於唯識宗義解釋中觀的《四百論》，最為著稱。護法的剃度弟子法稱，善解三藏，熟誦經咒凡五百部；後又從陳那的另一弟子自在軍，受學《集量論》，悟解等同陳那，故為《集量論》作的釋論，詳略共達七部，又使他的弟子帝釋慧為他的釋論作釋，故到此時，唯識因明之學，已達極峯了。
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由德光傳承律學：德光生於摩偷羅的婆羅門族，淹貫三藏而於各部律論的成就最高，當他住於摩偷羅的阿伽囉弗利伽藍之時，共住比丘達於千數，莫不律儀清淨。他著有《律經》一部，通釋毘尼要義；又註說一切有部戒本，而被後起諸家，仰為準則。
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由解脫軍傳承般若學：解脫軍（Aryavimuktisena）生於中南印度之間的日婆羅國附近，學般若於世親之門，又曾問義於僧護。因修般若觀行，以《般若經》經文與慈氏的《現觀莊嚴論》（Abhisamayālaṃkara-nāma）不盡符合，得夢慈氏，遵囑而尋見由南方請來的二萬頌本的《般若經》，全與《現觀莊嚴論釋》相應。於是暢演《無自性義》而為《現觀莊嚴論》註解。《無自性義》是僧護、龍樹學的思想，但是解脫軍闡揚的《現觀莊嚴論》，卻為瑜伽學的祖師慈氏所作。所以他為瑜伽行中觀學派（Yogācāra madhyamika）的人。
以上四系的餘緒，均為後來的西藏佛教所吸收：安慧的俱舍學；陳那，特別是法稱的唯識因明學；德光的有部律學；解脫軍的瑜伽為中心的般若學。此即構成了西藏顯教大乘重要理論基礎之一大部分。若比之於中國系的大乘教典，《俱舍論》雖有翻譯，但不受普遍的重視；因明確也略有譯介，但是《集量論》和法稱的《七論》則付之闕如；有部律由義淨三藏譯出後並未有人弘揚，因已先有《四分律》了；至於《現觀莊嚴論》及解脫軍的《無自性義》註釋，中國一卷也沒有譯出。
中觀派及第三系
在《印度佛教史》中已說到，龍樹（Nāgārjuna)及提婆之世，中觀學派尚未成立，到了提婆傳龍友，龍友傳僧護，僧護之下出了兩位大弟子，各執一說，分成兩流，出現了中觀學派。
佛護生於南印的呾婆羅國，受龍樹宗義於僧護之門，修習專精而得勝智，