現在由於密乘諸經的譯出，故形成為二門。顯乘為應化身釋迦牟尼佛所說，共備聲聞、獨覺、菩薩之三乘。密乘則有作密(Bya-rgyud)、修密(Spod-rgyud)、瑜伽密(Rnal-ḥbyor-rgyud)、無上瑜伽密(Rnal-ḥyor-bla-na-med-rgyud) 之四部。作密是報身金剛薩埵所說，修密及瑜伽密為報身大日如來所說，無上瑜伽密是法身普賢(Samantabhadra)所說。

作密的範圍是說的真言讀誦、供養儀式、結印法、護摩儀軌以及灌頂儀則。即是《藥師琉璃光七佛本願功德經》、《大寶廣博樓閣善住祕密陀羅尼經》、《佛母大孔雀明王經》、《普遍光明清淨熾盛如意寶印心無能勝大光明王大隨求陀羅尼經》、《護命法門神咒經》等所說的法門。

修密的範圍是說三昧及灌頂之儀則，此為以《大日經》為始的密部諸經所說。

瑜伽密分為如來、金剛、寶生、蓮花、羯磨之五部，說各種曼荼羅及印契。又分方便及智慧二種，方便是指《最上根本大樂金剛不空三昧大教王經》等，智慧則指《般若理趣經》等的經軌。

無上瑜伽密的主要思想是在「大樂」，也就是捨棄戒律，以飲酒、食肉、行淫等為成就最上佛道的行持。其分父密、母密、無二密等三種。其中的父密，