追隨好幾位有名的學者，受學俱舍、般若、唯識、因明、戒律等之顯教，同時也學了密教。

他曾學於迦爾瑪派第五世之門，又於不丹附近羅札（Lho-brag）地方的南迦丘宗（Nam-Mkhaḥ rgyal-mtshen）門下受教，後傳冬頓之下七十八代僧主丘結桑巴（Chos-skyeb bzaṅ-pa）的法位，而紹甘丹派的正脈。一說他十四歲那年是出家於札什倫布（日喀則）的薩迦寺。實際他是繼承甘丹派的正統，旁接迦舉派下杜普派的布頓學說，所以他被稱為新甘丹派的創始人。當然，宗喀巴的學問，是包羅西藏佛學的全部，不能以某一派的源流來侷限或範圍他的。

不過，當宗喀巴的時代，西藏佛教由於與政治混雜，且因僧人的帶妻生子，並以兒子作為法嗣，所以顯教不受重視，戒律尤其廢弛，僧人競以密法作為惑世之術，吞刀吐火，移山填海，盜名欺世，道德淪喪，風教敗壞。宗喀巴有鑑於此，他雖出身於紅教的基礎，卻覺得這樣下去，絕非眾生之福。他以為類似的密術，乃為助道之行；道本唯心，若心道不立，術必無依。吞刀吐火乃光影間的幻法，應機而用，自無不可；若捨菩提道心而專一為之，則於世道人心，自度度他，不獨無益，且是為害無量。所以他要立志改革西藏的佛教，終於竟其全功，乃被史家比擬為西藏的馬丁路德。其實這個比擬很不恰當，