他取明朝所重禪師的黃色，正合其宜。同時，南傳佛教也尚黃色。以此可見，傳說宗喀巴因為帽子偶爾反戴，或因他色染衣不成，始用黃色，似不可信。

宗喀巴以前的喇嘛僧侶，擅長術數變幻者，比比皆是。我們從《密勒日巴尊者傳》中，就可得知喇嘛之中，不乏放咒殺人、興雲降雹、趕鬼治妖的人物。宗喀巴便禁止了這些吐火吞刀、傷身害物的異門術數。

至於教化方面，宗喀巴及其大弟子們，均用和平方法，身教、言說、辯論，引導廣大的群眾皈信。他及他的學侶，都是持律唯謹的清淨比丘，比起舊派喇嘛的蓄妻、生子、酗酒，高尚得多；何況宗喀巴的學侶，均有廣博的佛學知識，精通顯教，熟諳五明，深窺密乘之奧。故在任何方面，均非守舊各派能及。

藏人深信宗喀巴是文殊菩薩的化身，所以中國五臺山文殊道場之成為黃教聖地之一，並非偶然；又信他是阿彌陀佛或金剛手的化身，所以由於他的應化，甘丹各派人士，多有向他集中之勢。據說，第一次大集會，黃衣喇嘛即達萬二千人，那便是以元月十五日為中心的每年一度傳招大集會之起源。

在他晚年，於拉薩東北東約三十五英里的山中，創建噶勒丹寺（Dgah-ldanmam-par rgyal-ba），組織大僧團。噶勒丹意為兜率天，藏人信仰阿底峽居於兜率天，故求往生兜率天的多於求生阿彌陀佛淨土。