僧侶之入山及出化，有其一定的修學年數和學業的程度。家康曾以「學問料」或「碩學料」之名（料是經費之意），頒發各寺院，以獎勵學問。於是，各宗紛紛興辦所謂檀林、學寮、學林等的教育機構，教育其宗徒，研究其宗學。

此在鎌倉末期，淨土諸宗及日蓮宗的宗學研究，稱為談議所，簡稱談所。繼此而興者，便是江戶時代的檀林。較早興起的檀林是在天文法華之亂稍後，永祿年間（西元一五五八─？年），由日蓮宗的日光、日諦、日詮等，成立了「三光無師會」；到了天正（西元一五七三─？年）之初，日生在京都松崎及下總飯高兩地，正式開創了檀林。江戶初期，就一致派而言，有關東八檀林及京都六檀林；勝劣派則有七檀林。

再說江戶時代的學寮，最先出現的是：長谷寺、智積院、增上寺、寬永寺及本願寺。元祿八年（西元一六九五年），本願寺改建於東中筋，便改學寮之名為學林。大谷派的學寮則始於寬文五年（西元一六六五年）。曹洞宗也在元祿五年開創學寮。

檀林或學寮的組織，亦有可言者，一宗的最高職位稱為學頭，以下則有化生、能化、講師等職稱，學員們被稱為所化。大體來說，江戶地方以學寮為盛，京都地方以檀林為盛。所化的學員，多數是寄宿的，故在檀林或學寮之內，