尤其是真宗出現了左道派，流行祕事法門或夜中法門。

於是，社會的人士，紛紛指責僧尼為無用之物，儒學盛行的水戶藩，因而首開廢佛之端，著手摧毀佛寺，淘汰僧尼，並將佛像鎔鑄大炮，這是天保十四年（西元一八四三年）的事。

由於儒學及國學者的復古思想積極推展，除了廢佛毀釋，更倡尊王攘夷的主義。由於尊王觀念的成熟，所以江戶幕府的將軍，便把大政奉還天皇，那就是明治維新的開始；攘夷觀念的成熟，所以要恢復神道信仰而排斥佛教，那就是明治時代神佛分離政策的執行。